玻璃胶最常出现的问题是变黑发霉，即使是使用防水玻璃胶、防霉玻璃胶也不能完全避免此类问题的发生。因此长期有水或浸水的地方不宜施工。

对玻璃胶有所了解的人应都会知道玻璃胶是一种有机物质，易溶于油脂、二甲苯、丙酮等有机溶剂物质，因此玻璃胶不能与含有此类物质的基材上施工。

普通的玻璃胶都要有空气中的水分的参与才能固化，特种和特殊用途的玻璃胶(如厌氧胶)除外，因此如果您要施工的地方为密闭空间且干燥无比，那么普通玻璃胶将无法胜任。

玻璃胶要粘接基材的表面必需为干净，不能有其他附着物(例如粉尘等)，否则玻璃胶固化后将会出现粘接不牢或脱落的现象。

酸性玻璃胶在固化过程中会释入出有刺激性的气体，具有刺激眼睛与呼吸道的作用，因此一定要在施工后打开门窗，待完全固化后并等气体散发完毕后才能入住。